Arrêt de travail d’un salarié : quelles démarches pour l’employeur ?

En cas de maladie ou d'accident d'un de vos salariés, ce dernier peut vous envoyer un arrêt de travail. Quelles sont les obligations de l'employeur ? Nos experts font le point sur les démarches à suivre ainsi que les différents types d'incapacité de travail (temporaire ou permanente).

L’arrêt de travail ou arrêt maladie : définition

L’arrêt de travail, communément appelé « arrêt maladie », est prescrit par un médecin à un patient dans l’incapacité de travailler en raison d’une maladie, d’un accident de la vie courante, d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle.

L’arrêt de travail entraîne l’interruption de l’exercice de l’activité professionnelle. Il peut permettre à l’assuré de bénéficier d’indemnités journalières versées par la Sécurité sociale s’il remplit les conditions d’ouverture des droits.

Les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale sont limitées à 50 % du salaire antérieur retenu dans la limite de 1,4 fois le SMIC. Cela représente une indemnité journalière maximum de 41,95 € au 1er janvier 2026. En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, l’indemnisation est supérieure.

En cas d’arrêt de travail, le contrat de prévoyance peut prévoir le versement d’indemnités journalières. Elles viendront compléter celles de la Sécurité sociale et le maintien de salaire effectué par l’employeur.

L’incapacité temporaire de travail

L’incapacité de travail désigne l’état d’un assuré qui se trouve dans l’impossibilité provisoire de travailler. Le médecin traitant est chargé d’établir l’incapacité et délivre à son patient un arrêt de travail.

L’incapacité permanente de travail

En droit de la Sécurité sociale, le terme « incapacité permanente » se réfère directement à l’état de l’assuré à la suite d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle (AT/MP).

Dès la consolidation de l’état de l’assuré, le médecin-conseil de la Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM) peut fixer un taux d’incapacité permanente si les séquelles le justifient. L’incapacité permanente peut être partielle (on parle alors d’incapacité permanente partielle, IPP) ou totale (IPT).

Ce taux détermine la prestation versée à la victime par la Sécurité sociale :

  • si le taux d’incapacité permanente est inférieur à 10 %, l’assuré a droit à une indemnité forfaitaire ;
  • si le taux est supérieur ou égal à 10 %, la victime a droit à une rente d’incapacité permanente.

Les contrats de prévoyance peuvent prévoir le versement d’une rente en cas d’incapacité permanente. Cette dernière viendra compléter celle versée par la Sécurité sociale.

Le salarié a envoyé un arrêt de travail, que faire ?

Pour que l’employeur puisse remplir ses obligations, il est essentiel que le salarié transmette correctement les volets de l’avis d’arrêt de travail :

  • les volets 1 et 2 à la CPAM sous 48 heures (souvent envoyés directement par le médecin),
  • et le volet 3 à l’employeur dans le même délai.

Dès sa réception, l’employeur a l’obligation d’établir une attestation de salaire le plus rapidement possible. Elle est nécessaire à l’Assurance Maladie pour examiner le droit aux indemnités journalières du salarié et calculer leur montant.

Un nouveau formulaire obligatoire

Depuis le 1er septembre 2025, les salariés doivent utiliser un nouveau formulaire Cerfa papier sécurisé pour tous les arrêts de travail qu’ils ne peuvent pas dématérialiser. Ce formulaire, rendu obligatoire par le décret n° 2025-587 du 28 juin 2025, est conçu pour lutter contre la fraude documentaire. Il comporte trois volets comme l’ancien formulaire mais intègre des dispositifs de sécurisation renforcés (étiquettes holographiques non photocopiables, bandes fluorescentes…).

Tout formulaire papier non sécurisé (ancien formulaire, photocopie, scan…) est désormais systématiquement rejeté par la CPAM. Dans ce cas, le document est retourné au prescripteur pour réédition. Le salarié doit alors renvoyer le nouvel avis d’arrêt de travail conforme sans délai à la caisse afin de maintenir ses droits aux indemnités journalières.

L’importance d’un arrêt conforme pour l’employeur

Pour l’employeur, la réception d’un arrêt conforme est essentielle. Le volet 3 de l’arrêt doit être strictement valide, faute de quoi l’Assurance Maladie peut refuser le versement des indemnités journalières.

Lorsque l’entreprise pratique la subrogation de salaire, elle supporte également le risque financier si le document est jugé non valide. Il convient donc de vérifier systématiquement la conformité des formulaires reçus, de sensibiliser les salariés aux exigences légales et de contester auprès de la CPAM tout document suspect. Par ailleurs, le recours à une contre-visite médicale peut sécuriser le versement du complément de salaire lorsque l’employeur maintient la rémunération du salarié.

L’adoption de ce nouveau formulaire et le respect strict des procédures garantissent la sécurité juridique et financière des employeurs, tout en protégeant les droits des salariés. Les autorités encouragent les professionnels de santé à privilégier la télétransmission des arrêts afin de simplifier la gestion administrative. Toutefois, les établissements hospitaliers utilisent encore le formulaire papier, notamment lorsque la dématérialisation reste impossible.

Le saviez-vous ?

Dans le cadre des téléconsultations, si le prescripteur n’est ni le médecin traitant ni la sage-femme référente, l’arrêt ou son renouvellement ne peut excéder 3 jours.

Signalement DSN et délais de traitement

À noter qu’avec la Déclaration sociale nominative (DSN), le signalement d’arrêt de travail remplace l’attestation de salaire et est obligatoire.

Les employeurs qui ne pratiquent pas la subrogation doivent impérativement réaliser le signalement dans les 5 jours suivant la connaissance de l’arrêt.

Pour les employeurs qui pratiquent la subrogation, deux possibilités existent :

  • le signalement d’arrêt de travail peut être transmis au fur et à mesure ;
  • ou le signalement peut être envoyé en même temps que l’envoi de la DSN mensuelle.

Suivre le signalement d’un arrêt de travail sur net-entreprises.fr

Une fois le signalement transmis via la DSN, l’employeur peut consulter son tableau de bord net-entreprises.fr pour vérifier si l’Assurance Maladie a accepté la demande et suivre ses règlements en cas de subrogation.

Reprise anticipée, prolongation et arrêt de plus de 6 mois

  • Si le salarié reprend le travail par anticipation, avant la fin de son arrêt de travail, l’employeur doit faire un signalement de reprise anticipée immédiatement (ou au plus tard dans les 5 jours suivants le retour du salarié), afin de stopper le paiement des indemnités journalières.
  • Au contraire, si le salarié envoie une prolongation de son arrêt, il n’est pas nécessaire de faire un nouveau signalement. Il suffit d’enregistrer la date de fin prévisionnelle de la prolongation dans son logiciel de paie.

Si l’arrêt se prolonge au-delà de 6 mois, les employeurs ayant opté pour la DSN n’ont qu’à modifier la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans leur logiciel. Les employeurs n’ayant pas encore adhéré à la DSN doivent quant à eux établir une nouvelle attestation de salaire.

Article rédigé en partenariat avec Previssima.

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